Pada tahun 2011, beberapa pengguna laman web ini telah disaman atas pelanggaran hak cipta.[3] Laman web ini juga telah menjadi sasaran keatas serangan DDoS terbesar pada awal September 2014.

Pada 1 Mei 2017, nama domain .se, .eu dan .org mereka telah dinyahaktifkan, dan moderator laman web tersebut kemudian mengesahkan bahawa pemiliknya menyahaktifkannya secara sukarela.[4][5][6] Pada minggu-minggu yang berikutnya, beberapa fork (cabang) yang mana sebahagiannya berdasarkan kod Nyaa dan pangkalan data torrents telah dibuat, masing-masing menggunakan nama 'nyaa'.[7]

Dalam kenyataan rasmi soalan lazim yang disiarkan oleh komuniti Nyaa, dikatakan bahawa beberapa data antara 2016 hingga Mei 2017 telah hilang dan tidak ada sandaran pangkalan data Nyaa yang boleh dipercayai pada jangka masa tersebut.[8]

Pada bulan Jun 2017 TorrentFreak melaporkan bahawa Goodlabs yang berasaskan dari Jerman, telah membuat laman web .eu versi tiruan dengan cubaan ingin membuatkan pengguna memuat turun perisian hasad.[9]

Pada bulan Mac 2021, hanya dua fork sahaja yang tinggal iaitu .si dan .net (dahulunya .pantsu.cat).